对甲基苯磺酰甲基异腈用作合成试剂，用于制备各种或具有生物活性的杂环，如吡咯和咪唑。 据报道，甲苯磺酰甲基异氰化物高效抑制 [Fe]-氢化酶。
用于制备具有生物活性的吡咯和咪唑的试剂；作为异腈组分，用于包含糖类衍生醛的立体选择性Passerini反应中。